Certifikat ISO 9001
Međunarodna norma koja se odnosi na upravljanje kvalitetom, od unutarnje organizacije poslovanja do pružanja usluge krajnjim korisnicima. Magdalenu je 2002. certificirala agencija Bureau Veritas Quality International.
Dijamantni certifikat organizacije Accreditation Canada
Ugledna međunarodna certifikacijska kuća koja više od 55 godina certificira zdravstvene ustanove u Kanadi i svijetu. Magdalena je 2017. certificirana dijamantnim standardom koji je uspješno obnovljen i 2021. godine.
Certifikat ISO EN 15224
Međunarodna norma koja se temelji na ISO 9001, ali se odnosi na upravljanje kvalitetom isključivo zdravstvenih organizacija. Magdalena je 2016. certificirana kao prva bolnica nositeljica tog certifikata u Republici Hrvatskoj.